PAUP(windows版本)构建NJ树时用什么命令?

2016-10-25技术资料

原标题:【求助/交流】求助PAUP(windows版本)构建NJ树时的输入命令的问题

PAUP(windows版本)构建NJ树时用什么命令?

最近用PAUP构建了NJ树,因为对这方面不太懂,最后发现输入的命令可能有问题,分支长度没有区别,并且substitution/site值也不对,别人文献里基本都是0.01,而我的确是10,我用的命令见下,求高人指导。
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Set criterion=distance
  dset distance=hky85
  Outgroup FJ883747
  NJ
Bootstrap  nreps=1000 search=nj
savetrees file=N.tre brlens=yes savebootp=both from=1 to=2
再输入NJ后可以看见树的分支长度是不一样的,但用bootstrap评估完后就一样了,是不是我应该更改什么命令呢?求解答
 
用MEGA?
用PAUP,mega的说明书挺多,但paup的介绍比较少
 
那就用MEGA呗。。。比较快。。
 
文章已经投了,因为树的形状现在回修,没法再改用别的软件作树了