菌液测序结果分析求助?

2016-08-15技术资料

菌液测序结果分析求助?

来源:转载网络 作者: 546718069

菌液测序结果出来后。打开序列,先找载体接头,但大多数没有载体接头,有 的只有M13F有前面的接头序列,,这是什么情况??可不可以把没有找到接头序列的序列直接BLAST大神求助

 

用载体上的通用引物测序的话,引物和引物下游的一段是测不到的
测序结果应该就是你连到载体上的片段,你可以直接和你的理论序列比对看看你得到的序列是什么


用载体上的通用引物测序的话,引物和引物下游的一段是测不到的
测序结果应该就是你连到载体上的片段,你可以直接和你的理论序列比对看看你得到的序列是什么
非常感谢!原谅我是菜鸟,这样的话我有个疑问,我直接把测序的结果跟我的目的序列比对??不用blast么??还有,我直接把结果粘贴到NCBI上BLAST后,出来结果后,主要看哪个部分来确定是不是跟我的目的序列一致?
 

1.用通用引物测序,如果序列已插入,肯定可以测到你的上游引物及序列,至于下游引物能否测到取决于你的插入序列的大小,所以也可以直接在测序结果中找你的引物序列。
2.可以直接把你的测序结果拿去做blast,先初步判断结果中有没有你的目标片段。

 

我们可以帮您做


1.用通用引物测序,如果序列已插入,肯定可以测到你的上游引物及序列,至于下游引物能否测到取决于你的插入序列的大小,所以也可以直接在测序结果中找你的引物序列。
2.可以直接把你的测序结果拿去做blast,先初步 ...
谢谢,我直接Blast后,有我的目标基因,就是我附件里面的P450 6B1,但我设的引物所扩出来的目标片段应该是1463-615=848,可Blast 出来的那个长度  我看只有508? 我是不是可以认为我设计的引物是没问题的,下一步就可以根据我测序的结果序列进行原核表达了?





 

谢谢,我直接Blast后,有我的目标基因,就是我附件里面的P450 6B1,但我设的引物所扩出来的目标片段应该是1463-615=848,可Blast 出来的那个长度  我看只有508? 我是不是可以认为我设计的引物是没问题的,下一步就 ...
这个blast结果只是初步表明你的序列插入到载体中了,你仍然需要仔细查看测序结果,看是否有突变位点,避免无义突变。
 

这个blast结果只是初步表明你的序列插入到载体中了,你仍然需要仔细查看测序结果,看是否有突变位点,避免无义突变。...
非常感谢!能不能再讲一下下一步查看测序结果是否有突变位点的具体操作?

非常感谢!能不能再讲一下下一步查看测序结果是否有突变位点的具体操作?...
还是比对呀,用你的序列和测序结果比对,看有没有突变位点,如果是融合表达,还要看是否有移码突变。
 

你可以用软件如DNAman或DNAstar等软件进行两条序列比对,这个比较直观


你可以用软件如DNAman或DNAstar等软件进行两条序列比对,这个比较直观
哦哦!!GET新技能!非常感谢!!

非常感谢!原谅我是菜鸟,这样的话我有个疑问,我直接把测序的结果跟我的目的序列比对??不用blast么??还有,我直接把结果粘贴到NCBI上BLAST后,出来结果后,主要看哪个部分来确定是不是跟我的目的序列一致?...
你有目的序列就不用blast,直接用NTI软件比对你的标准序列和测序结果就可以了。你必须要知道载体接头处序列吗?一般只要目的序列正确,载体没啥问题。